El equipo Junior nace en 1924, año en que se fundó como club en el barrio Rebolo de Barranquilla (Colombia). Ha obtenido 6 campeonatos colombianos de la era profesional, ubicándose séptimo entre los equipos colombianos.
El club se pensó en crear en 1923 para representar a los barrios San Roque y Rebolo de Barranquilla. El movimiento comenzó cuando el Colegio Salesiano creo el equipo Juventus ya que ellos eran de ascendencia italiana, pero luego el equipo se conocería como Juventud.
Un grupo de aficionados al fútbol, así como los integrantes menores del Juventud crearon el 7 de agosto de 1924 en la calle 30 con carrera 29 de Barranquilla, la creación del nuevo club que tuvo por nombre Juventud Infantil. El primer partido fue el 12 de octubre de 1924 en la plaza 7 de Abril contra el Argentina F.B.C., al cual venció 2-1.
En 1926 ingresa a la Liga de Fútbol del Atlántico, en la Tercera Categoría, ganando el ascenso a la Segunda Categoría en 1927. En 1929, después de 2 años en la Segunda Categoría, asciende a la Primera Categoría cambiando su nombre por el de Juventud Junior. En 1932 queda campeón de la Primera Categoría.
En 1936 el equipo empezó a ser llamado Junior, como lo conocemos actualmente. Entre 1939 y 1940 Junior juega algunos partidos amistosos con la dirección técnica del inglés Jack Greenwell, dándose a conocer internacionalmente.
Entre 1942 y 1947 es considerado el mejor equipo de Colombia. En 1945 participa representando a Colombia en el Torneo Suramericano de Fútbol bajo el auspicio de la Adefutbol. En este torneo, Junior, representando a Colombia.
En 1948, con el nombre de Atlético Junior participa en el primer torneo del Fútbol Profesional Colombiano de la División Mayor del Fútbol Colombiano , quedando subcampeón con cuatro puntos por debajo del Santa Fe.
En 1949 es requerido por la Adefutbol para participar representando a Colombia en el Torneo Suramericano de Río de Janeiro. Al final del torneo, terminó último con 2 puntos, los mismos de Ecuador.
En 1953 afrontan una grave crisis económica que lo obliga a retirarse de la Dimayor, pasando a participar durante 13 años del torneo aficionado de la liga departamental, desapareciendo del profesionalismo colombiano.
En 1966 Junior vuelve a la primera división después de 13 años de problemas económicos. En este primer torneo Junior termina octavo del torneo con 53 puntos. .
En 1971 participa en su primera Copa Libertadores. Junior queda eliminado al quedar último del grupo con 5 puntos. El primer partido de Copa Libertadores que jugó Junior fue contra Deportivo Cali en el estadio Romelio Martínez de Barranquilla, con resultado 2-1 a favor de Junior.
En 1972 se vuelve accionista del club Fuad Char. Junior logra clasificar al Triangular Final donde enfrenta a Millonarios y Deportivo Cali. Junior termina tercero con 3 puntos.
En el Torneo Finalización, Junior quedó ubicado en el grupo A, quedando último con 18 puntos. En el Hexagonal Final, Junior terminó primero con 15 puntos, tres más que el subcampeón Deportivo Cali. Así, Junior obtenía su primer campeonato nacional y su segunda clasificación a su segunda Copa Libertadores.
Para el 2010 Junior contrata a Víctor Cortés, Paulo César Arango y Román Torres para jugar la Copa Libertadores 2010. Sin embargo son eliminados de esta copa por el humilde uruguayo Racing 4-2. Luego de esta eliminación temprana, Junior concentró todas sus fuerzas al Torneo Apertura, clasificando a las semifinales como tercero, eliminando al Medellín 3-2 y venciendo en la final a Equidad por el mismo marcador global. Junior obtenía así la tan esperada sexta estrella y la clasificación directa a la Copa Libertadores 2011. Carlos Bacca fue el goleador del torneo con 12 goles, los mismos que su rival en la final Carlos Rentería. Esta ha sido la mejor campaña del Junior desde que se establecieron los torneos cortos ya que obtuvo 32 puntos.
En 1977 llegan al equipo Eduardo "El Indio" Solari y Alfredo "El Maestrico" Arango y vuelve Jesús "El Toto" Rubio. Junior gana el torneo apertura con 35 puntos y una ventaja de dos sobre su perseguidor el Deportivo Cali. Luego de quedar último de su grupo en el torneo finalización, Junior termina primero del Hexagonal Final, terminando campeón por primera vez y superando por tres puntos al Deportivo Cali, el subcampeón. Junior así clasificaba a su segunda Copa Libertadores. En la Copa Libertadores, Junior quedó eliminado nuevamente en la fase de grupos, pero hizo una mejor campaña que la primera vez al quedar tercero del grupo.
En 1966 Junior vuelve a la primera división después de 13 años de problemas económicos. En este primer torneo Junior termina octavo del torneo con 53 puntos. .
